Resumen de la década: 2016, Israel, Cocca y el despertar de Ayron.
Cuando una misma historia se repite tres veces seguidas quiere decir que hay algo que anda mal y que no se ha aprendido de los errores. En 2014 y 2015 la historia fue idéntica: gran campaña en el Apertura, mal Finalización y cambio de DT en septiembre. La historia en 2016 fue parecida, con la diferencia de que al DT que llegó le alcanzó para clasificar a las finales del Finalización porque tuvo a su lado al goleador del torneo: Ayron Del Valle. Así fue el año 2016 de Millos:
Primer semestre
Como Lunari en 2015, Rubén Israel arrancó el año 2016 con «su» equipo. Le trajeron a David y Carlos Valencia, Carlos Henao, Rafael Carrascal, Yilmar Angulo (que no alcanzó ni a jugar por una enfermedad ajena al fútbol que sufrió a días del inicio de la Liga), Johnatan Estrada, Yulián Mejía, Andrés «Manga» Escobar, Henry Rojas Christian Ovelar.
Millos debutó goleando a Patriotas, empató con Santa Fe y Pasto, venció como visitante a Alianza Petrolera (primera victoria afuera de Bogotá en 5 meses) y luego venció a Jaguares, para finalmente perder el invicto en Rionegro ante las Águilas, en un partido en el que Ovelar erra una pena máxima. El siguiente partido fue una victoria sobre la hora con gol de Robayo en el minuto 93 sobre el Tolima (2-1).
El 6 de marzo, Millos pierde por primera vez en la historia frente a Fortaleza por Liga, en el estadio de Techo. Afortunadamente, el equipo logra reponerse y da un golpe de autoridad luego de ganarle de forma consecutiva a Santa Fe (2-0), Nacional (2-1), Caldas (1-0 en el último minuto, gol de Rangel) y Chicó (3-1). En paralelo, el equipo azul realizaba una muy destacada labor en la fase de grupos de Copa Águila con Ramiro Sánchez como máxima figura al atajar penal en los dos partidos frente a Tigres.
Asegurado el primer lugar de Copa, y la clasificación a octavos, Millos empató con Cali y Bucaramanga como visitante, derrotó 3-1 al Junior en casa, cayó con Envigado 0-2 y con Cortuluá (de Máyer Candelo) 1-2 en casa, pero se repuso venciendo 3-0 a Equidad y 2-1 al Huila para asegurar su clasificación. En la última fecha, que se jugaba por cumplir, perdimos 0-1 con el DIM.
Millos llegó a las finales con mucha ilusión de su gente por la gran campaña que lo instaló tercero en el todos contra todos. Junior, rival que nos había sacado en 2011 y 2014, fue el rival en cuartos de final. El primer partido, en Barranquilla, fue 0-2 para los «tiburones» que aprovecharon la inexperiencia de Stiven Vega en la lateral derecha.
El partido de vuelta fue un frenesí. Millonarios comenzó perdiendo el partido, la serie estaba 0-3. De repente, en 15 minutos, los Embajadores se inspiraron y anotaron cuatro goles para pasar arriba. Todo el estadio era una fiesta, nadie podía creer lo que estaba pasando. Era la mejor demostración de jerarquía en años.
La esperanza se desvaneció en el último minuto. Israel jugó a defenderse, y así llegó el gol de Junior en tiempo de descuento que forzó los penales. Y como ya había pasado en 2014 y 2015, los penales, los malditos penales privaron a Millonarios de ser campeón una vez más.
Segundo semestre
Se fue Rangel, y en su lugar llegaron Dairon Asprilla y Ayron Del Valle. También regresó Pedro Franco, a préstamo por un año. También llegaron Alexis Hinestroza y Hárrison Henao.
El debut del Finalización fue en Tunja con una sorpresiva derrota con Patriotas. En la segunda fecha, Millos ganó el clásico a Santa Fe con gol de Asprilla. Después derrotó 1-0 a Alianza Petrolera, empató con Once Caldas en partido adelantado y perdió en Montería con Jaguares.
El inicio del final de la era Rubén Israel lo marcó la dolorosa eliminación de Copa, a manos del Tolima. Después de empatar 0-0 en Ibagué con Vikonis atajando penal, en Bogotá los «pijaos» nos pasaron por encima con un doloroso 0-3. Y tres días después, por Liga, nos repitieron la dosis, en Ibagué, por 1-3. La salida del DT uruguayo se marcó el 10 de agosto, cuando Millos perdió con el Bucaramanga 0-1, pero la hinchada invadió el campo de juego antes de que terminara el partido y eso derivó en que fuera 0-3 por escritorio. Ahí se sentenció su salida.
A diferencia de 2014 y 2015, Neys no fue DT encargado, fue asistente. El DT interino fue Jorge «Chamo» Serna, director en ese entonces de las inferiores y actual técnico de la selección Colombia Sub15. Y a diferencia de los dos años pasados, al «Chamo» no le tocó dirigir uno sino tres juegos: triunfos a puerta cerrada por la invasión de campo sobre Fortaleza (3-2) y Cali (1-0), y derrota en Medellín con Nacional por la mínima, en un partido en el que Carlos Henao erró penal.
Llegó Diego Cocca al banco azul y debutó en el clásico del 28 de agosto en Techo, en el que Millos era visitante por calendario. El Campín fue cerrado por remodelación y allí, en el segundo escenario de la capital, Cocca abrió su campaña ganando por 2-1. Luego empató 1-1 con Pasto en la frontera y después de ese partido empezó la racha de Ayron: goles en ocho partidos seguidos para terminar goleador de la Liga.
Millos le ganó en Tunja al Chicó, goleó al Envigado en Techo 4-1, derrotó como visitante a Cortuluá 3-2, cayó 1-2 con Equidad y Junior. Goleó 3-0 al Huila en Neiva y despachó al Medellín 3-1 en casa. Contra todos los pronósticos, sobre todo teniendo en cuenta los años anteriores, Millos logro un cupo entre los ocho y avanzó a los Playoffs.
En las finales, el rival fue Nacional, que para esa época debía viajar a Japón para jugar el mundial de clubes. El verde paisa puso una nómina mixta en la ida, que quedó 2-1 a favor del Embajador, y luego puso la pesada en la vuelta. Hasta el minuto 88, la serie estaba empatada y se iba a los penales. Millos aguantaba con todo lo que tenía hasta que llegó el 0-2, y más adelante el 0-3 en tiempo de adición. Millos quedó eliminado, Nacional clasificó, pero como debía viajar, le puso la nómina Sub20 a Santa Fe, que no tuvo problema en eliminarlo.
2016 en números
| TORNEO | PG | PE | PP | GF | GC | PTS | REND |
| Apertura | 12 | 4 | 6 | 34 | 21 | 40 | 60.61% |
| Finalización | 11 | 3 | 8 | 30 | 27 | 36 | 54.54% |
| Copa | 4 | 3 | 1 | 9 | 7 | 15 | 62.50% |
| TOTAL | 27 | 10 | 15 | 73 | 55 | 91 | 58.33% |
Los números por DT
| DIRECTOR TÉCNICO | PG | PE | PP | GF | GC | PTS | REND |
| Rubén Israel | 18 | 9 | 11 | 48 | 38 | 63 | 55.26% |
| Jorge «Chamo» Serna | 2 | 0 | 1 | 4 | 3 | 6 | 66.67% |
| Diego Cocca | 7 | 1 | 3 | 21 | 14 | 22 | 66.67% |
Goleadores
| JUGADOR | LIGA I | LIGA II | COPA | TOTAL |
| Ayron Del Valle | 0 | 12 | 0 | 12 |
| David Mackalister Silva | 6 | 3 | 0 | 9 |
| Michael Rangel | 7 | 0 | 1 | 8 |
| Andrés «Manga» Escobar | 5 | 1 | 1 | 7 |
| Carlos Henao | 3 | 3 | 1 | 7 |
| Johnatan Estrada | 4 | 1 | 1 | 6 |
| Maxi Núñez | 1 | 2 | 1 | 4 |
| Henry Rojas | 1 | 1 | 2 | 4 |
| Óscar Barreto | 0 | 2 | 1 | 3 |
| Yulián Mejía | 1 | 0 | 1 | 2 |
| Déiver Machado | 2 | 0 | 0 | 2 |
| Rafael Robayo | 2 | 0 | 0 | 2 |
| Dairon Asprilla | 0 | 2 | 0 | 2 |
| Enzo Gutiérrez | 0 | 2 | 0 | 2 |
| Christian Ovelar | 1 | 0 | 0 | 1 |
| Elkin Blanco | 1 | 0 | 0 | 1 |
| Pedro Franco | 0 | 1 | 0 | 1 |
| TOTAL | 34 | 30 | 9 | 73 |
