Alianza Petrolera, el rival en Octavos de final de Copa
Luego de conocerse, por fin, el último clasificado en la fase de grupos, Dimayor realizó el sorteo de la fase final de la Copa Aguila 2017. Millonarios, que entró derecho a segunda fase por haber sido uno de los cuatro mejores equipos de 2016, quedó sembrado en la llave 5 y enfrentará a Alianza Petrolera en los octavos de final del certamen, primero en Bogotá y luego en Barrancabermeja, asà lo establece el reglamento del torneo.
Los partidos se disputarán los dÃas 12 o 13 de julio, en El CampÃn; y el 26 o 27 del mismo mes en Barrancabermeja (según la programación de Dimayor). Clasificará el equipo que tenga mejor diferencia de gol en el global, y cualquier empate llevará la serie a definirse desde el punto penal. No aplica regla de «gol visitante» para desempate.
De avanzar, Millos enfrentará en cuartos de final al ganador de la serie 1 entre Junior y Once Caldas. Estos partidos se jugarán en agosto 9 (ida) y agosto 23 (vuelta). Desde esta fase en adelante, cerrará como local el equipo que tenga mayor cantidad de puntos conseguidos desde octavos de final (no aplican los puntos de la fase de grupos).
Las semifinales se jugarán en septiembre 13 (ida) y septiembre 27 (vuelta), el rival de Millos en esta fase, en caso de clasificar, es uno de los siguientes: Huila, Nacional, Patriotas o Unión Magdalena. La gran final se disputará en el mes de octubre, los dÃas 18 (ida) y  25 (vuelta).
Asà quedaron las llaves: