El 20 de diciembre de 2001, en Guayaquil, Millonarios consiguió levantar la Copa Merconorte, el segundo título oficial a nivel internacional y primero en competencias Conmebol, bajo la dirección técnica de Luis Augusto «Chiqui» García. Fue la última edición de esta Copa, en la cual el Club Embajador también consiguió un subtítulo, un año antes.

Los Embajadores se coronaron campeones luego de derrotar en la gran final al Emelec por la vía de los penales 3-1 luego de sendos empates a un gol en los dos partidos. Rafael Dudamel fue la gran figura de la serie, al atajar dos de los cobros de los ecuatorianos (hubo otro que se fue desviado), mientras que Álex «Pelusa» Orrego, Carlos Castro y Carlos Gutiérrez convirtieron los tres lanzamientos azules.

La historia de Millos en la competición comenzó mal, con una derrota 0-3 frente a las Chivas Rayadas de Guadalajara en condición de visitante el 9 de agosto. En la segunda fecha, el debut en casa frente al Italchacao de Venezuela terminó en una goleada 5-0. Wilson Cano fue la gran figura del juego al anotar un «hat-trick», Álex Orrego y Mario Cruz completaron la faena. Fue el 23 del mismo mes.

Seis días más tarde, el 29 de agosto, Millos derrotó 2-1 a Metrostars de los Estados Unidos con doblete de Cano. El torneo para los azules tuvo una para de casi 40 días, en la cuarta jornada, visitando al Italchacao en Venezuela, los azules volvieron a caer derrotados por 0-3. El sistema de campeonato indicaba que avanzaba el primero de cada grupo y el mejor segundo, la derrota dejaba comprometido el avance a las semifinales.

Fue entonces cuando empezaron a darse las grandes hazañas que llevaron a la consecución del título. Un gol de Johan Viáfara en el último minuto le permitió al equipo azul quedarse con la victoria 1-0 en New York frente a Metrostars, resultado que, sumado al retiro de Chivas del torneo, le permitió al Club Embajador terminar como primero del grupo (el partido Millos – Chivas terminó 2-0 a favor por escritorio).

En las semifinales, el rival fue el Necaxa mexicano, que había eliminado en la fase de grupos al América de Cali. La ida, disputada el 20 de noviembre en Aguascalientes, terminó 2-3 a favor de los «manitos» con doblete de Carlos Gutiérrez para Millos. El partido de vuelta, siete días más tarde en El Campín, fue una de las mejores demostraciones de jerarquía de los Embajadores en el nuevo milenio.

Para cuando el reloj marcaba el minuto 28 del primer tiempo, Necaxa se había ido 0-2 arriba. El cuadro azul debía anotar mínimo tres goles para forzar los penales. Parecía imposible lograr una gesta así, pero se consiguió: Alex «Pelusa» Orrego descontó finalizando el primer tiempo con un golazo, Hárold Rivera consiguió el empate a los 19 minutos del complemento y Juan Carlos Jaramillo puso el 3-2 definitivo a cinco minutos del final para llevar la serie a la definición desde los once metros para la sorpresa de todos.

Allí, Millos se impuso 3-1. Los mexicanos desviaron dos cobros y Rafael Dudamel atajó otro, mientras que para los Embajadores convirtieron Hárold Rivera, Carlos Castro y Diego Moreno (Carlos Gutiérrez erró su cobro).

La gran final fue contra el Emelec. La ida, jugada en el estadio El Campín el 13 de diciembre, terminó 1-1 con gol de Carlos Castro, que anotó un minuto después de que la visita se había ido adelante en el marcador. El partido de vuelta también terminó 1-1. Juan Carlos Jaramillo había adelantado a Millonarios y un autogol de Álex Fernández puso el empate final. Después, los penales le dieron a los Embajadores su primer título oficial a nivel continental.